ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวได้เกิดกบฏเจ้าอนุวงศ์เวียงจันทน์

รัฐบาล มีความจำเป็นที่จะต้องการใช้เงินในราชการมากกว่าแต่ก่อน พระองค์จึงทรงปรับปรุงการจัดเก็บภาษี เป็นผลให้เกิดการจัดเก็บภาษีขึ้นใหม่ 38 ประเภท เช่น 
   
• ภาษีที่เก็บจากการพนัน อาทิ บ่อนเบี้ย หวย ก. ข. ภาษีเบ็ดเสร็จ (เก็บของลงสำเภา)
   
• ภาษีของต้องห้ามหกอย่าง ได้แก่ อากรรังนก, ไม้กฤษณา, นอแรด, งาช้าง, ไม้จันทน์, ไม้หอม
   
• ภาษีที่เก็บจากพืชผลทางการเกษตร เช่น พริกไทย ไม้แดง ต้นยาง ฟืน จาก กระแซง ไม้ไผ่ป่า ไม้รวก ไม้สีสุก ไม้ค้างพลู ไม้ซุง ฝ้าย ยาสูบ ปอ คราม เนื้อแห้ง ปลาแห้ง เยื่อเคย โคต่าง ๆ ภาษีสำรวจ
   
• ภาษีจากผลิตภัณฑ์ทางการเกษตร เช่น น้ำมันมะพร้าว น้ำมันต่าง ๆ ไต้ชัน น้ำตาลทราย น้ำตาลหม้อ น้ำตาลอ้อย จันอับ ไพ่ เทียนไขเนื้อ และขนมต่าง ๆ 
   
• ภาษีเกลือ ภาษีปูน ภาษีกระทะ ภาษีเตาตาล 
   
• ภาษีไม้ต่อเรือ ภาษีเกวียน เรือจ้างทางโยง
   
ในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ปรับปรุงรูปแบบการจัดเก็บโดยการนำ “ระบบเจ้าภาษีนายอากร” มาใช้ในการจัดเก็บภาษี เป็นการผูกขาดโดยเอกชน เมื่อถึงเวลากำหนด ผู้ประมูลจะต้องนำเงินภาษีอากรที่จัดเก็บมาส่งให้ครบจำนวนตามที่ประมูลไว้ ดังนั้นคำว่า “ภาษี” จึงเข้าใจว่าน่าจะมาจากคำในภาษาแต้จิ๋วว่า “บู้ซี” อันหมายถึง สำนักเจ้าพนักงาน ทำการเก็บผลประโยชน์แผ่นดินซึ่งตั้งขึ้นจากระบบเจ้าภาษีนายอากรนี่เอง คำว่าภาษีนี้ จะใช้กับอากรที่เกิดขึ้นใหม่ เพื่อให้เห็นความแตกต่างจากอากรเก่าที่เคยจัดเก็บมาแต่โบราณ  คำว่าภาษีนี้ จะใช้กับอากรที่เกิดขึ้นใหม่ในสมัยรัชกาลที่ 3 เพื่อให้ฟังดูแตกต่างจากอากรเก่าที่เคยจัดเก็บมาแต่โบราณ
   
พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า เจ้าอยู่หัว ทรงอธิบายในหนังสือพระราชดำรัสในว่า “...เกิดอากรขึ้นใหม่ ๆ ได้เงินใช้ในราชการแผ่นดิน ดีกว่ากำไรค้าสำเภา อากรเหล่านั้นให้เรียกว่า ภาษี เพราะเป็นของที่ เกิดขึ้นใหม่เหมือนหนึ่งเป็นกำไร ซึ่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว มีพระราชประสงค์จะให้เห็นว่าเงินเก่าเท่าใด เกิดขึ้น ในรัชกาลของท่านเท่าใด... การบังคับบัญชาอากรเก่าใหม่เหล่านี้ จึงได้แยกออกเป็น สองแผนก อากรเก่าอยู่ในพระคลังมหาสมบัติ อากรใหม่ซึ่งเรียกว่า ภาษี อยู่ในกรมพระคลังสินค้า คงเรียกชื่อว่าอากรอยู่ แต่หวย จีน ก. ข. ซึ่งเป็นของเกิดใหม่แต่คล้าย กับอากรบ่อนเบี้ยของเดิม จึงคงเรียกว่าอากร แต่ก็คงยกมาไว้ในพวกภาษีเหมือนกัน”.